Allen Untertanen King Juliens ist es strengstens untersagt, die königlichen Füße zu berühren. Als absoluter Fußfetischist ist dieses Verbot für Mort nur sehr schwer einzuhalten und schließlich passiert es doch: Er berührt sie. King Julien schickt Mort daraufhin für immer und ewig ins Exil. Die Pinguine haben Mitleid und nehmen ihn in ihr Team auf, um ihn von seinem Drang zu befreien.
Durch eine Verkettung unglücklicher Umstände verlieren die Pinguine den Zugang zu ihrer Lieblingsspeise: Popcorn! Natürlich scheuen Skipper und seine Truppe weder Kosten noch Mühen, um sich den schmackhaften Snack wieder zu beschaffen...
Lemur Maurice hat genug davon, ständig von seinem gierigen Boss, "König" Julien, bestohlen zu werden. Als die Lemuren von einem Touristen mit dem Blitzlicht seiner Kamera geblendet werden, nutzt Maurice kurz entschlossen die Gelegenheit und macht sich aus dem Staub. Der etwas naive Julien ist sogleich davon überzeug, dass Maurice in der "magischen Kiste" - also der Kamera - gefangen sitzt. Die Pinguine wissen es natürlich besser und beschließen, den ausgebüxten Lemuren zurück in den Zoo zu holen. Doch New York City ist groß - und so müssen die Pinguine ihr gesamtes detektivisches Talent aufbieten, um Maurice auf die Spur zu kommen...
King Julien ist eifersüchtig auf Mort, weil dessen Plüschpuppen im Souvenirshop des Zoos der absolute Renner sind. Deswegen manipuliert er die neue Lieferung der kuscheligen Doppelgänger, damit sie direkt in die Fabrik zurückgeschickt werden. Mort will dies jedoch verhindern und hüpft in den Karton zu seinen Plüschdoubeln. Die Pinguine und Marlene eilen ihm sofort in die Fabrik hinterher und starten eine Befreiungsaktion.
Marlene findet in ihrem Gehege ein Ei und bringt es den Pinguinen zum Ausbrüten. Skipper wehrt sich zunächst dagegen, doch Kowalski macht ihm klar, dass das Bebrüten bei den Pinguinen Männersache ist und als King Julien ebenfalls Ansprüche auf das Ei erhebt, gibt Skipper schließlich nach.