Skippers Erzfeind Dr. Seltsam ist zurück - grosse Welteroberungspläne inklusive. Dazu hat Dr. Seltsam Geräte entwickelt, mit deren Hilfe er den Nordpol abschmelzen und so die Menschheit ins Verderben stürzen möchte. Die Pinguine treibt derweil die Sorge um King Julien um, da dieser offenbar entführt wurde. Allerdings wissen die Pinguine nicht, dass Dr. Seltsam dahinter steckt. Und so machen sie sich unwissend auf die Suche nach Julien, wobei in der Höhle des Löwen schliesslich gleich zwei böse Überraschungen auf sie warten...