Die Paviane im Nachbargehege begeistern die Zoobesucher weitaus mehr mit ihren Tanzfähigkeiten als die Lemuren. King Julien beschließt, dem ein Ende zu bereiten und schmeißt ein Stinktier ins Paviangehege. Die Rache lässt allerdings nicht lange auf sich warten: Die Paviane setzen Magie ein und berauben den König seines Grooves, sodass Julien fortan nicht mehr tanzen kann. In völliger Verzweiflung bittet er die Pinguine um Hilfe.
Während die Pinguine versuchen, die neuen Sicherheitssysteme des Zoos zu knacken, kommt ihnen Max, der Mondkater, unfreiwillig in die Quere. Er ist auf der Flucht vor Officer X, einem hundsgemeinen Beamten vom Ordnungsamt, der es sich zur Aufgabe gemacht hat, Max einzufangen. Max bittet die Pinguine um Hilfe. Diese verstecken ihn an allen möglichen Orten des Zoos, aber der Officer spürt ihn überall auf. Nun muss eine zündende Idee her, um den Mondkater zu retten.
Im Zoo verschwinden auf mysteriöse Weise viele Dinge. Die Bewohner halten eine Konferenz ab, die klären soll, wie man den Täter dingfest machen könnte. Die Pinguine erklären sich dazu bereit, den Fall zu übernehmen. Im Rahmen ihrer Recherchen kommen sie ziemlich schnell einem Waschbären auf die Schliche, der allerdings behauptet, seine Taten als eine Art Robin Hood des Zoos nur aus ehrenhaften Absichten begangen zu haben.
Ganz New York ist von einem Stromausfall betroffen. Julien nutzt die Situation, um das Gesetz des Dschungels im Zoo einzuführen, was in Chaos und Verwüstung gipfelt: Alle Zoobewohner drehen völlig durch, sodass die Pinguine Mühe und Not haben, die Ordnung wiederherzustellen. Als sich das Blatt schließlich gegen King Julien wendet, muss dieser einsehen, dass er einen Fehler begangen hat.
Skipper berichtet den anderen Pinguinen von einer ganz großen Sache. Er hat einen Plan vergraben, der sie darauf vorbereiten soll, sich dieser Sache zu stellen, allerdings weiß keiner, worum es dabei geht.
